6インチアップによる振動、異音 - デリカD:5

先日デリカ ディーゼルを新車で購入し登録前にウォーカーサプライ6インチアップキット、JAOS1インチアップ車高調を組み構造変更を行って貰いました。

納車の帰りから1速→2速、2速→3速のシフトアップ時にミッションが滑っているような振動とドドドッといった異音が出ており変速が終わると音も振動もなく普通に走っています。4速→5速、5速→6速はほぼ何も感じません。
取り付けを頼んだショップに診て貰い症状は確認して貰いましたが初期不良でATミッションがおかしいのではないか。と言われディーラーで診てもらうとATミッションは滑りなどのエラー履歴はなく機械的にも大丈夫です。と言われてしまい困り果てています。
疑わしい所と言えばプロペラシャフトの前側接続部がダストシールのカップリングからノーマル時より5センチほど抜けておりスプラインの掛かりが浅くなっています。
ショップに聞いたところホイールベースが延長されてるから仕方ないんじゃない。と片付けられてしまいました。

デリカのアフターパーツも作られているショップだったので信頼して預けたらこの有様で頼るところもなく路頭に迷ってしまっています。

同様の事象になられた方はみえますでしょうか？
また4インチ以上のリフトアップキット組まれている方プロペラシャフトの抜け具合はどうでしょうか。
ご教示願います。

http://i.imgur.com/PTqIBYo.jpg