GPZ400Rは400ccの市販車として初めて水冷エンジンを搭載し、「アルクロスフレーム」と呼ばれるアルミ製のフレームと前後16インチホイールを採用した。
低い重心が独特な旋回性[独自研究?]をもたらし、フルカウル装備による空気抵抗係数CDA0.29のエアロフォルムは、高速走行を楽なものにしている。
1980年代のオートバイブームにおいてのベストセラーであった。発売された1985年に18,200台、1986年には11,731台が生産された。当時のカワサキは、他社が主力としていた レーサーレプリカ を主力モデルとはせず、レーサーレプリカ並の動力性能を持ちながらも、低いシート高にアップライトなポジションを持つなど、あくまで公道での乗りやすさを追求したスポーツバイクとしての性格を与えた。

○　D2カラーは2色。黒赤（エボニー×ファイヤクラッカーレッド）と白赤（ポーラホワイト×サンビームレッド）これに限定カラーが存在する。この基本モデルのテール部分には「GPZ400R」ロゴが入る。
○　D2限定ブラック＆ガンメタ＆赤ライン（エボニー×パールコスミックグレー）の限定カラー　GPZ400Rリミテッド（メーカー全国限定1000台）が販売される。このタイプのみホイールは赤。後にも先にも赤のホイールはLTDのみの限定となる。（ほかの物は黒に統一）
○　D2限定ライムグリーン＆ホワイトの限定カラー（販売店限定300台だが、異なるラインがあり実際の販売台数は不明）
D2では一部GPZ600Rと同じカラーリングの限定車が存在した。この頃が一番限定モデルが出た時期である。


シリンダーヘッドは構造的にGPZ900Rシリーズによく似た手法で水冷化されており、2股ロッカーアームによる1カム2バルブ駆動、シリンダーはウエットライナーでスリーブを直接冷却する。しかしクランクケース周りは空冷4気筒のZ400FX（1979年）の基本設計をそのまま踏襲しており、一次減速がハイボチェーンで、プライマリーシャフトを持つ四軸構成となっている。 因みに後継機のZZR400のエンジンは完全な新設計で共通点は全くない。


水冷4気筒DOHC16バルブ　56.0×40.4mm　398cc、
最高出力：59ps/12,000rpm
最大トルク：3.6kg-m/10,500rpm
タイヤサイズ　前輪 100/90-16 54H　後輪 130/90-16 67H
乾燥重量176kg
ヨシムラ　ワンオフ特注　マフラー