とりさん、はじめまして。
ハイエースのリアは、足周りの構造上ワゴンリーフに交換した場合、縮みきりと伸びきりの位置はノーマルリーフとほとんどかわりませんが、ジャッキアップなどせず静止させた状態のピストン位置が3cmくらい上になってしまうんですよね(^-^;)
あたりまえですが、その分、縮み側と伸び側のストローク量に増減が発生してします。
ですので、厳密に言えば設計時の状態ではなくなってしまう為、全く問題ないとは言えないと思います。
というのが、一般的な回答と思いますが・・・。
私の個人的な考えは、『問題ない!』です(^-^)
なぜなら、ショックの状態としては、ハイエースのフロントの車高をトーションバーを締めて上げたのと同じです。
車高を上げる人は少ないですが、下げた場合も同様にピストンの位置が変わります。
でもみなさん、不具合無く乗ってらっしゃいますからねぇ~(^-^)
素人の見解ですので、参考までに・・・(^-^;)