水温が・・・

段ボールによる影響もありますが、『走行した』ことによってエンジンルーム内に風が取り入れられた影響が今回の場合は大きいかも知れないですよ。
メーカーが設計段階でエンジンルーム内の空力も考慮して車を作っていますからね。エンジンルーム内には他にもエキマニなどの高温熱源があるので、水温だけに着目して遮熱板やボンネット浮かしなどを施すと空気の流れが変化してゴム類の劣化を早めたりデメリットが多くなってきますからチューニングって難しいんですよね。

ちなみに私のパルサーも95℃程度なら街乗りくらいで平気で行きますよ（苦笑）
気になるようでしたら、一時的なものに過ぎませんがエアコンを付ければファンが回るので一気に水温は下がりますよ。

水温を気にしてるのは、暖房が効かないからなんです。ダンボールが入って無い状態で、エアコンを入れてもウインドウの曇りが全く取れないんです。

水温が上がって無いのに、エアコン入れてファンが回ってさらに水温が下がる。悪循環ですよー。

ゴムやハーネスのダメージも気にして入るのですが、夏場よりはマシだろうと考えています。