ノイズ対策したのだが・・・

予想通り・・・というか、僕と同じ道をたどってますね・・・。
RCAラインへのフィルターは少しでも音質に影響を及ぼしそうなので試してませんが、効果薄いのでは？と思ってました。

ちなみに、アースの見直しとかRCAケーブルのグレードアップ、いろいろ試してみましたが、結局１番効果あったのがRCAのマイナスをアースに落とすことでした。

早く原因がわかるといいですね。

ハイインプットのスピーカーラインと電源ラインを同じ助手席のピラーのなかを通しているために引っ付いてます。
これかな～?

セオリーでは、電源ラインと音声信号ラインを並行に引くのはタブーとされてます。
ですので、原因かもしれませんね。

ただ、ハイローコンバーターに入る前のスピーカー向けの信号(アンプで増幅されている信号)であれば、さほど神経質になる必要は無いと思うんですけどね。

一番ノイズに弱いのがRCAケーブルを通っている音声信号です。
高級機で最大５Vですが、通常機種では１Vまでくらいです。ですので、外部からのノイズがのるとそれが音としてスピーカーから出ちゃうわけで・・・。
ラインドライバーっていう物を使えばRCAの信号を昇圧してくれるのでノイズを無効化(聞こえなくくらいまで小さくしてくれる)してくれます。

こんどは音声と電源のラインを別の場所で引いてみます。