配線図、RE-TECS等の資料をもとにすると…。
追記：画像をRE-TECSから後期型解説部に差し替え
エンジンをかける際に、キーをひねってスターターを回すわけですが、この際サーキットオープニングリレーのコイルが動いてフューエルポンプレジスタリレーに通電します。
キーONではポンプはまわらないので、強制的に回すにはB-04のフューエルポンプ短絡端子で回路短絡すると、サーキットオープニングリレーの2つめのコイルがONして接点が入り、フューエルポンプレジスタリレーに通電されます。
フューエルポンプレジスタリレーは、動作条件としてIG･SW_ONの時にはコイルの出口側の電圧が12Vとなり、アイドル時は2V以下まで落ちます。
これは、フューエルポンプレジスタリレーが"ノーマルクローズリレー"であることと、ECUの端子が引き込み(IG･SW_ON)の時にはOFFで、アイドル時はONとなるスイッチになっています。
まあ、厳密にはトランジスタでONするかOFFするかですが…。
エンジンを回さないIG･SW_ONの時の条件が書いてませんが、おそらくは回転信号やクランキングの信号(もしくはスターター信号)がない状態なので、ECU端子もしくはフューエルポンプレジスタリレーのコイル出力側が12Vとなっており、リレーの接点はONとなっていると思います。
まあ、接点がONでも12V、接点がOFFでもレジスタが0.64Ωなので、10V近辺だと思います。
さて。
短絡端子を短絡してもポンプが回っている形跡がない(キャップを開けて耳を澄ましてもポンプ音がしない。)場合は、問題となるのは配線図の上から順番に①15Aエンジンヒューズ、②サーキットオープニングリレー、③フューエルポンプレジスタリレーになります。
もちろん、その先のポンプコネクタB-05やポンプ自身の問題もありますが…。
フューエルポンプレジスタリレーを外した状態で、かつ短絡端子を短絡して電圧を測った場合、B-03のコネクタには入力側の青赤には12Vが出ているはずです。
出力側はというと、青緑がポンプ側で、緑赤がECU側です。
このうち、テスターで測定したときに不意に電圧が出てしまう可能性があるのは、ECU側の緑赤が可能性としては高いです。
なぜならば、ポンプ側は直流インピーダンスが低いため、GNDに電線をつないでいるのと一緒となるためです。
一方、ECU側はもしトランジスタがONしていれば、GNDに引き込んでいると思いますので0Vが出るかもしれませんが、もしOFFしていた場合、配線の先にスイッチが付いていてOFFしているため、高インピーダンスとなるため電圧測定では表示が定まりません。
ただし、厳密には機械的な接点ではなくトランジスタですから、OFFっているときに電圧表示が出てしまうことはあると思います。
可能性の話であって、実際に潜ってないのでわからんけどw
ただし、そこはポンプを回すことに対しては、あまり重要ではありません。
ポンプは低インピーダンス(コイルが入っているので、直流インピーダンスかな。)なので、12Vを与えると相応の電気を喰います。
フューエルポンプレジスタリレーまで12V来ているのに、ポンプが回らないとなると…。
レジスタもしくはリレーを出た直後に、電圧が落っこちていることが想定されます。
それを引き起こす可能性があるのは、①か②か③。
正確にいうと、15Aエンジンヒューズの先にはATのコントローラーもいるので、それも犯人のうちの一つではありますが…。
理想的には、①②③が低インピーダンス(要は低抵抗)なら、すなわちテスターで0Ωを表示する(レジスタは0.64Ωね。)ようであれば、ポンプの抵抗値の方が高いのでポンプには10Vとか12Vとかといった電圧が掛かります。
ところが、①②③のうちのどれかが不良で抵抗値が高いようだと、ポンプに対して直列に抵抗値が入ることになるので、ポンプに供給される電圧が下がってポンプが回らなくなります。
テスターでコネクタまで12V来ているのに…、例えばフューエルポンプレジスタリレーのコネクタまでは12V来ているのは確認できているのに…なぜ?という場合、テスターの内部インピーダンスが高いことを忘れがち。
テスターが電圧を測るためには、理想的には内部抵抗無限大がいいわけで、しかし実際はそういうわけにはいかないため、現実的に大きな抵抗値なりますから、テスターで12V出ていても、どれだけ電流が引けるかわかりません。
なので、ポンプが動かない時には、①②③の電圧を測ることも必要ですが、抵抗値を測ることや異常がないか目視することも重要です。
電圧を測るのであれば、全部接続された状態で動作状況を再現した方が良いかもしれませんね。
ATコントローラの不具合も考えられますが、ATコントローラが不具合でも配線的には優先順位は低いかな。
しかし…。
ここまで書いてきて一番やらかすのは…、フューエルポンプを交換した際に、接続が甘かったとか、GNDが緩んでたとか…かなw
注意点として、社外ポンプに交換するのはあまりお勧めしないのですが、もし交換する際には、はんだ付け後の収縮チューブにご注意を。
市販の収縮チューブはガソリンに耐えられるかどうかはうたってません。
できれば、耐ガソリンがうたわれている収縮チューブを使われることをお勧めします。
フューエルポンプレジスタの回路 
配線図、RE-TECS等の資料をもとにすると…。
