特に何の略というのはないんじゃないでしょうか。
EFはEB（550cc）を元にしているようですし、KFはEFの後継という位置づけですよね。
JBのスケールアップ版がJCだったりします。
E系、K系、J系のエンジンブロックということではないでしょうか。
ボア×ストロークなどの変更、改良がされると後のアルファベットが変わってくるという認識でよいのではと思います。

ハイフンの後のアルファベットはもう少し規則性がありますよね。
VE→DVVT（DOHC)仕様＋インジェクション
DET→DOHC＋インジェクション＋ターボ
DEM→DOHC＋インジェクション＋マイルドターボ
SE→SOHC＋インジェクション

おおよそ法則に則っていますが、年代によってエンジンバリエーションが異なるので、違う仕様と区別するため違う記号を用いている場合もあります。複雑ですね。

EFは息の長いエンジンで20種類以上あります。