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半年も利用しないうちにブートループになりました。
症状はハングアップ後にリブートするのですが、
毎回同じタイミングでなくブート中や起動後、
指紋認証解除後の利用中など様々です。
ハード障害の様に感じました。

そんな訳で並行輸入のNexus5xの32Gを正規の半値以下で安く手に入れました。
以下今更ながら再セットアップをしたので覚書です。

<はじめに>
　今回再セットアップするに辺り次の方針でセットアップします。
　①定期的(手動)にバックアップを取得し、外部保管(USB経由のPC)できる
　②そのバックアップで異常時にはリストアができる
　③ルート(root)はいらない

　今回の障害でデータが全て吹っ飛んだため定期的にバックアップは
　必要だなとあらためて痛感しましたので②を行うためいつもの
　カスタムリカバリ(TWRP)を使います。
　特にリストアしたいのが/data領域ですが、デフォルトで暗号化されているので
　このタイミングで非暗号化もやっておきます。
　非暗号化には改造したbootイメージ(boot.img)が必要になるのですが、
　情報が多いSuperSUを利用した方法で非暗号化に挑みます。
　しかし③を満たすためにroot化すると起動しないアプリ(SafetyNet)があるので
　root化(SuperSUのアプリ導入によりコマンド群はインストールしません)はしません。
　ちなみに、その"起動しないアプリ"ですが、
　　SuperSUの「スーパーユーザーを有効化」のチェック外し
　　RootCloak
　　No Device Check
　　Magisk
　でも駄目でした。手ごわいアプリですね。

　またいつものようにStock Romにxposedで行きますので、Nougatで
　なくMarshmallowになります。
　※Nougatのアップデート通知を消したい場合は「Google Play開発者サービス」の
　　通知をoffにして対処できます。

<手順>
・Nexus5xを開封後Factory Imagesを焼く
　現時点での6.xの最新版6.0.1(MTC20K)を使います
　adbコマンドがあるフォルダplatform-toolsの下に
　bullhead-mtc20k-factory-4a950470.zipを解答したファイル群を
　丸ごとコピー(PATH設定が面倒だったのでコピーで対応)し、
　ブートローダー(Bootloader)を起動して、PC側とUSB接続。
　flash-all.batを実行。
・初期不良の確認
　ごく簡単ですが以下を確認しました
　-SIM(docomo)の認識(LTEとH)
　-Wifiの利用(5GHz)
　-指紋認証の利用
　-NFCの動作(suica/nanaco/edy)
　-内外カメラの撮影
・bullheadのTWRPをflash
　fastboot flash recovery twrp-3.0.2-2-bullhead.img
　※3.0.2-2でもバックアップに関する不具合がまだあるようですね。
　※詳細確認してないですが小生環境でバックアップ/リストアは一旦出来ました。
・TWRPを起動後に改造boot.imgを焼きます。
　http://forum.xda-developers.com/apps/supersu/2014-09-02-supersu-v2-05-t2868133
　TWRPの[install] から SR1-SuperSU-v2.78-SR1-20160915123031.zip をswipe。
・そのままBootloaderに戻り/dataをフォーマットして暗号化を解除します
　TWRPの[Reboot]からbootloaderして、
　fastboot format userdata
　が終われば、Systemをreboot後、[設定]>[セキュリティ]の暗号化欄が
　「スマートフォンの暗号化」が押せるようになり暗号化が解除されていることが確認できます。
　※暗号化されていると「暗号化されています」と出ます
・XposedはMaterial Designを利用
　http://forum.xda-developers.com/xposed/material-design-xposed-installer-t3137758
　XposedInstaller_by_dvdandroid.apkをインストール。
・再び、リカバリモードへ行って、TWRPの[install] からxposed-v86-sdk23-arm64.zipをswipe。
・Systemをreboot後、アプリのインストールしたり、xposedのモジュール入れたり。。。
・再び、リカバリモードへ行って、TWRPの[Backup] からバックアップして、
　[Restore]からそのバックアップで復元して起動確認済み！

＃走り書きしたので誤記や手順ミスがあるかもしれません。
　なお、このやり方で他の環境も旨くいくとは限りませんのでご参考程度にして下さい。