聞こえる限り、音の発生源はトランク周辺ということは確実でしたので、まず、リアダッシュボードが振動してシャーシに当たるということを疑いました。
写真のようにリアシートを倒し、ダッシュボードパネルを手で叩くと「パコパコ」というような音がします。
走行中の異音と少し音質が違うのですが、一応対策をしてみます。