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『日本書紀』には、大化の改新時の改新の詔において、穂積咋が東国国司に任じられるなど、国司を置いたことが記録されている。このとき、全国一律に国司が設置されたとは考えられておらず、また当初は国宰（くにのみこともち）という呼称が用いられたと言われており、国宰の上には数ヶ国を統括する大宰（おほ みこともち）が設置されたという（「大宰府」の語はその名残だと言われている）。その後7世紀末までに令制国の制度が確立し、それに伴って国司が全国的に配置されるようになったとされている。

8世紀初頭の大宝元年（701年）に制定された大宝律令で、日本国内は国・郡・里の三段階の行政組織である国郡里制に編成され、中央集権的な律令制が布かれることとなった。律令制において、国司は非常に重要な位置に置かれた。律令制を根幹的に支えた班田収授制は、戸籍の作成、田地の班給、租庸調の収取などから構成されていたが、これらはいずれも国司の職務であった。このように、律令制の理念を日本全国に貫徹することが国司に求められていたのである。

平安時代の天長3年（826年）からは親王任国の制度が始まった。桓武天皇や平城天皇、嵯峨天皇は多くの皇子・皇女に恵まれたため充てるべき官職が不足し、親王の官職として親王任国の国司が充てられ、親王任国の国司筆頭官である守には必ず親王が補任されるようになった。親王任国の守となった親王は太守と称し、任国へ赴任しない遥任だったため、実務上の最高位は次官の介であった。

また平安時代になると、朝廷は地方統治の方法を改め、国司には一定の租税納入を果たすことが主要任務とされ、従前の律令制的な人民統治は求められなくなっていった。それは、律令制的な統治方法によらなくとも、一定の租税を徴収することが可能になったからである。9世紀?10世紀頃には田堵と呼ばれる富豪農民が登場し、時を同じくして、国衙（国司の役所）が支配していた公田が、名田という単位に再編された。国司は、田堵に名田を経営させ、名田からの租税納付を請け負わせることで、一定の租税額を確保するようになった（これを負名という）。律令制下では、人民一人ひとりに租税が課せられていたため、人民の個別支配が必要とされていたが、10世紀ごろになると、上記のように名田、すなわち土地を対象に租税賦課する体制（名体制（みょうたいせい））が確立したのである。

一定の租税収入が確保されると、任国へ赴任しない遥任国司が多数現れるようになった。そして現地赴任する国司の中の最高責任者を受領と呼ぶようになった。王朝国家体制への転換の中で、受領は一定額の租税の国庫納付を果たしさえすれば、朝廷の制限を受けることなく、それ以上の収入を私的に獲得・蓄積することができるようになった。

平安時代中期以降は開発領主による墾田開発が盛んになり、彼らは国衙から田地の私有が認められたが、その権利は危ういものであった。そこで彼らはその土地を荘園公領制により国司に任命された受領層である中級貴族に寄進することとなる。また、受領層の中級貴族は、私的に蓄積した富を摂関家などの有力貴族へ貢納することで生き残りを図り、国司に任命されることは富の蓄積へ直結したため、中級貴族は競って国司への任命を望み、重任を望んだ。『枕草子』には除目の日の悲喜を描いている[1]。平安中期以降、知行国という制度ができた。これは皇族や大貴族に一国を指定して国司推薦権を与えるもので、大貴族は親族や家来を国司に任命させて当国から莫大な収益を得た。

新しく国司に任ぜられる候補としては、蔵人、式部丞、民部丞、外記、検非違使などが巡爵によって従五位に叙せられたものから選ばれる[2]ほか、成功、院宮分国制などもあった。

国司の選任に当たっては、その国に住み所領を持つ者は、癒着を防止するという観点から任命を避けるという慣例があった。寛弘3年（1006年）1月28日の除目において、右大臣藤原顕光が伊勢守に平維衡を推挙したが、藤原道長が「維衡はかつて伊勢国で事件を起こしたものである」ことを理由に反対している[3]。この「事件」とは、かつて維盛が伊勢において平致頼と合戦を起こしたことである[4]。なお道長は8年後の長和3年2月の除目で、清和源氏である源頼親を摂津守に推挙するという矛盾した行動をとっている[5]。

鎌倉時代にも国司は存続したが、鎌倉幕府によって各地に配置された地頭が積極的に荘園、そして国司が管理していた国衙領へ侵出していった。当然、国司はこれに抵抗したが、地頭は国衙領へ侵出することで、徐々に国司の支配権を奪っていった。

室町時代になると、守護に大幅な権限、例えば半済給付権、使節遵行権などが付与された。これらの権限は、国司が管理する国衙領においても強力な効力を発揮し、その結果、国司の権限が大幅に守護へ移ることとなった。

こうして国司は名目だけの官職となり、実体的な支配は守護（守護大名）が執行するようになった。ここに至り、国司は単なる名誉職となり、被官される人物の実効支配地に関係なく任命された。戦国時代の武将の中には国司を自称、あるいは僭称する者も多かった（百官名）。政治の実権が幕府等の武家にあるうちは、単なる名誉職に過ぎなかった国司であったが、下克上が頻発した戦国時代では守護や守護代等の幕府役職者以外の出自の大名が、自国領土支配もしくは他国侵攻の正当性を主張するために任官を求める事が増加した。この時代では国司職を求めて戦国大名が朝廷へ盛んに献金などを行った。これは、天皇の地位が再認識される契機ともなった[6]。また、一部の戦国大名（大内義隆の周防介・伊予介、織田信秀・今川義元・徳川家康の三河守など）は名目的な国司職ではなく実質的な目的を持って申請を行っている[7]。

安土桃山時代には豊臣秀吉が関白となったことに伴い、国司の称号は武家の地位・権威を示す武家官位へと変質し、完全に名目だけのものとなった。江戸幕府成立以降は、大名や旗本、一部の上級陪臣が幕府の許可を得た上で、家格に応じて国司名を称することが行われた（受領名）。しかしこれらの「名乗り」は名目上のものであったため、同時期に複数の人物が同じ国司名を名乗ることも多かった[8]。明治維新後、律令制度の廃止とともに国司は廃止された。

幕府が御家人の所領支配を保証することを本領安堵（ほんりょうあんど）といい、幕府が新たに所領を与えることを新恩給与（しんおんきゅうよ）というが、いずれも地頭職への補任という手段を通じて行われた。地頭職への補任は、所領そのものの支給ではなく、所領の管理・支配の権限を認めることを意味していた。所領を巡る紛争（所務沙汰）の際には、幕府の保証する地頭の地位だけでは必ずしも十分ではない場合もあり、地頭の中には荘園領主・国司から荘官、郡司、郷司、保司として任命される者も少なくなかった。つまり地頭は、幕府及び荘園領主・国司からの二重支配を受けていたと見ることもできる訳である。実際に、幕府が定めた法典御成敗式目には、荘園領主への年貢未納があった場合には地頭職を解任するといった条文もあった。むしろ、幕府に直属する武士は御家人と地頭の両方の側面を持ち、御家人としての立場は鎌倉殿への奉仕であり、地頭職は、徴税、警察、裁判の責任者として国衙と荘園領主に奉仕する立場であったとする解釈もある。
鎌倉幕府の成立段階では、荘園領主・国司の権力は依然として強く、一方地頭に任命された武士は現地の事情に疎い東国出身者が多かった。このため、独力で遠隔地の荘園の経営に当たれる現地沙汰人を準備し、年貢運搬の準備、荘園領主側との交渉、年貢の決解・算用などの事務的能力（またはそれが出来る人材）を必要とした。伊勢国治田御厨の地頭に補任されながら、現地沙汰人が荘園領主である伊勢神宮と対立して処分された畠山重忠が千葉胤正・里見義成等に対して「現地に良い眼代（代官）が得られないならば、（新恩の）領地を戴くべきではない」と述べている（『吾妻鏡』文治3年10月4日条）。このため、大江広元や一条能保、惟宗忠久など京都出身の官人や家司経験者が戦功とは無関係にその事務能力によって地頭に補任された例も見られる[1]。
しかし、地頭の補任権・解任権は幕府だけが有しており、荘園領主・国司にはその権限がなかった。そのため、地頭はその地位を背景に、勧農の実施などをとおして荘園・公領の管理支配権を徐々に奪っていった。具体的には、地頭は様々な理由をつけては荘園領主・国司への年貢を滞納・横領し、両者間に紛争が生じると、毎年一定額の年貢納入や荘園の管理を請け負う地頭請（じとううけ）を行うようになった。地頭請は、不作の年でも約束額を領主・国司へ納入するといったリスクを負ってはいたが、一定額の年貢の他は自由収入とすることができたため、地頭にとって多大な利益をもたらすことが多かった。そして、この制度により地頭は荘園・公領の事実上の支配権を握った。
それでも荘園領主・国司へ約束額を納入しない地頭がいたため、荘園・公領の領域自体を地頭と領主・国司で折半する中分（ちゅうぶん）が行われることもあった。中分には、両者の談合（和与）で決着する和与中分（わよちゅうぶん）や、荘園・公領に境界を引いて完全に分割する下地中分（したじちゅうぶん）があった。
地頭は、居館（堀内：ほりうち等と称した）の周辺に直営地を保有していた。平安～鎌倉期の慣習では、居館は年貢・公事が免除される土地とされており、それを根拠として、地頭は居館の周辺を免税地として直営するようになった。この直営地は、佃（つくだ）、御作（みつくり）、正作（しょうさく）、門田（かどた）などと呼ばれ、地頭の従属民である下人（げにん）や所従（しょじゅう）、又は荘民に耕作をさせていた。この直営地からの収入は、そのまま地頭の収入となった。
以上のような地頭請・下地中分・直営地の拡大は、地頭が荘園・国衙領の土地支配権（下地進止権）へ侵出していったことを表す。当然、荘園領主は地頭の動きに対抗していたが、全般的に見ると地頭の侵出は加速していった。こうした流れは、地頭による一円知行化へと進み、次第に荘園公領制の解体を推し進めたのである。
地頭は元来、現地という意味を持ち、在地で荘園・公領の管理・治安維持に当たることを任務としていた。多くの地頭は任務地に在住し、在地管理を行っていた。しかし、有力御家人などは、幕府の役職を持ち、将軍へ伺候しなければならず、鎌倉に居住する者が多かった。そうした有力御家人は、自分の親族・家臣を現地へ派遣して在地管理を行わせていた。親族に管理させた場合、御家人（惣領）とその親族（庶子）との間で所領を巡る相論が発生することもあり、親族に地頭職を譲渡するケースもあった。
地頭の在地管理のあり方を見ると、荘園領主と異なる点が見られる。地頭は武士なので、紛争などを暴力的に解決しようとする傾向があった。著名な紀伊国阿弖河荘（あてがわのしょう）百姓訴状[2]は、百姓が地頭・湯浅宗親の非法のせいで年貢（材木）納入が遅れたことを荘園領主に釈明した文書であるが、宗親が百姓を強引に徴発した様子、抵抗すると「耳を切り、鼻を削ぎ、髪を切って、尼にしてしまうぞ」と脅した様子などがよく記されている[注釈 1]。また、「泣く子と地頭には勝てぬ」という言葉もある。