よくあるトラブルらしく、MSD装着後エンジンが切れない事があるみたいなので、対策として付属のダイオードをオルタの配線にかます。
よくわかりませんが、エンジン切った後も微弱電流が流れており、それを本体が拾って作動を続けてしまうようです。