結果的にはマスターシリンダーのゴムがふにゃふにゃになっていたのが原因でした。

右が新品、左がふにゃふにゃ
写真だとわかりにくいですがゴムが膨張しています。

原因としてはグリコール系とシリコン系のフルードを混ぜたためであると考えられます。

グリコール系とシリコン系を混ぜるとフルードがゼリーになるだけでなく、ゴム類もふやかしてしまうらしいのです。

ふやけてしまったマスターシリンダーは密閉性を失い、踏んでも圧がかからず（フルードが出てこない）、リターンポートも正常に動作せずブレーキが戻らなくなるということでした。
（ってかこの解釈であってますか？）


ド素人なのでなかなかこの解にたどりつかず半泣き状態でした。

結果的にちゃんと動作するようになりました。