なんとペーパーかけていたら小さな穴やクレーターみたいな凹みが出てきましたΣ（ﾟдﾟlll）

おそらくですが前オーナーが塗装前にパテで処理をせずに塗装をしたのが原因でしょう・・・・

すかさずペーパー掛けを終わらせたらパテ埋めになります。

某カー用品専門店のオートバックスに売っているこちらの商品を使って穴や凹みを埋めていきます。

ヘラはプラスチック等のヘラをホームセンターで買えば安く売っています。