充電池から電流が車体に逆流して消費されてしまうようです。みんからでもいくつか検索がヒットしますし、エーモンから部品も販売されているようです。

ならばと、まずはコンデンサーを外してダイオードだけ内挿。
充電はされるようになりました。

しかし、エネルギー回生とはほぼ無関係にノイズが発生。
アイドリング時、エネルギー回生時、その両方と、日によってノイズの発生するタイミングが常に一定でないので、レコーダーバッテリーの充電程度によって変わるのかもしれません。（電流チェッカーはありませんので、詳細は不明です。）