ボディ側、ボンネット側の防水パッキンは一部無いところがあり、雨水が侵入していたのでパッキンを追加。これで全周防水できたはず。ただ、ボンネットが閉まりにくくなりました。
タイヤハウスからの浸入は今のところ気にならないのでまだ対策してません。

あとから気になったのですが、密閉してしまうとエンジンの熱がこもって良くないのかなー、、、

追記
やっぱり、これは熱問題、歪みの逃げ（遊び）等の問題もあるらしく、やらない方がいいみたいです。