まずはどのようにすればよいかをサービスマニュアルの回路図から検討です。
これはサービスマニュアルの抜粋ですがJ81コネクタは運転席ドアにあるパワーウインドウ（以下PW)のスイッチです。ここからモーターにおくる電源を制御しています。
運転席側のPWのモータ－でいうと、J81コネクタの12番（ピンク）から12Vが流れるとウインドウがあがり、11番（ライトブルー）に12Vが流れると下がります。
今回のやり方としては、運転席や助手席についている既存のSWの動作はそのまま（イグニッションONで動作する）として、別途イグニッションに関係なく動作させることができるSWを後部に追加することとしました。