原因はこのセンターコンソールの開閉スイッチとの接触がありました。

カップフォルダーを開けたまま薄い紙を通そうとすると通らない！！

開けたままで利用するのはNG？

ディーラーに確認するとそのような事例はないです。
交換しても状況は変わらないと思いますよ・・。
さらにメーカー保証では・・・。

仕事の転勤のため新車購入したディーラーで無かったため対応が適当。

購入をしたディーラーと話しながら進めると保証で交換OK