あらごるんさんによれば、スターター位置にあるときの電源の状態は下記の様になるそうです。

ACC：イH3　　スターター回転中はOFF
IG1：イH5　　スターター回転中はOFF
IG2：イH2　　スターター回転中でもON
ST1： CF1　　スターター回転中のみON
(これだけ場所が違うかも)
ST2：イH4　　スターター回転中のみON

ナビを再起動させない為には下の２つの要件と対応策が必要です。

１．ナビのACC電源にはエンジン始動時にも通電していなければならない。
対応作:ACC電源とIG2電源を混合しナビACC電源に接続する。

２．エンジン始動時にナビ常時電源に９Ｖ以上の電圧がなければならない。
対応作:ST1 or ST2電源で５極リレーを制御し、メインバッテリーとサブバッテリーを切替える。