ここから先は人それぞれです（？）

ロアアームを外す人もいれば、ロアアームに固定されているスタビなどを外してバールでこじってナックルを外す人もいたり。

ロアアームを外す方法だと外すボルトの本数は少なくブーツ交換もしやすいはずですが、1G締め付けする必要があったり、そもそもボルトが手持ちの工具で緩められるか微妙なため見送りました。

ロアアームに固定されているスタビなどを外してバールでこじってナックルを外す方法は作業スペースが狭そうです。

ディーラーに聞けば正しいやり方が分かるかもしれませんが、私の場合は作業スペース確保とストラット交換に慣れているという理由でストラットを外す方法にしました。

アッパーマウントは長穴ではないのでアライメントはほぼずれないはずです。ハンドルセンターはブーツ交換前とずれを感じませんでした。
気になる場合はナットを緩める前にマーキングしましょう。

あと、先にストラットを外すとロアアームが遊んでロアボールジョイントを固定しているボルトナットを緩められなくなる可能性があるので気を付けてください。
ストラットを外してすぐ取り付けるという傍から見ると謎な行動をすることになります（なりました）。