基本的な流れは、
①ATミッションを下ろす。
②配線加工をする。
③クラッチ一式を取り付ける。
④MTミッションを載せる。
⑤試運転
ですので、作業自体の流れは難しくはないです。
ただ、クラッチのシリンダー用の穴がなかったり、サイドブレーキがフット式だったり、AT制御が厄介すぎて配線が複雑だったりと、車種によってはさまざまだと思います。

自分はまず、AT関連のカプラーをすべて外した状態で、エンジンがかかり、アイドリングが安定することを確認してから、ATミッションを下ろしました。