バッテリーカバーは解体屋から見繕ってくるなりヤフオクから引っ張るなりして調達してください。
KS3・KS4でも特装車（コンテナトラック、ローリー等）や鳥居、アオリがダイハツと共用になった後期型以降は付いていないタイプがあるようです。

調達したカバーは汚れと錆びを落として塗り直しましょう。
固定用の2本のピンが金属むき出しであれば適当なチューブを被せるかビニールテープを巻けばいいと思います。
新車時はチューブが被せてあります。