巷では、アイドリングストップだけを解除する製品は売っています。なので、多分できると踏んで、色々調べてみました。
アイドリングストップをしない条件は色々あってその中でも以下の条件に着目。
「ボンネットが開いている状態でエンジンを始動したとき。」

この解除条件は、エンジン始動時にボンネットを開いてる擬似信号を流すことができれば、アイドリングストップ機能がOFFになりそうです。

実際にボンネットのロック部にはリミットスイッチが付いており、ボンネットを閉めるとGNDに落ちる回路になっているようです。