違っていた箇所はまずCDIに接続する部分のコネクタ色。
配線図上は緑のコネクタですが実際には白が装着されています。
（これは製造時のミスかもですが、組む際に間違い様が無い箇所なので特に気にしません）

もう一か所はジェネレーターに繋がる配線で、配線図上は赤/黄になっていますが実際のハーネス側は白/黄です。