これは初めてのケースだった

メリットしかありません。

そんで問題は領収書に書く金額。

例えば購入者側が30000円払ったとします。
ヤフーが3000円ピンハネして元払い送料が700円だと
オイラが受け取る金額は26300円。
領収した金額なので26300円と書くのが厳密には正しいのでしょうが
オイラは30000円と書きます。

法人が購入した場合、この部品を使って整備なり商売をします。
そーして利益を得るのですが、それに対して税金が掛かる。
仕入れ代を差し引いて利益を計算するので
領収書の金額は26300円より30000円の方が親切なんです。

ただし、売り側が会社員で年間の利益が20万円を超えると
課税対象になるので低い金額を書いた領収書の方が有利になります。

いろいろ難しいですね。
飲んで寝ます～