ドアの最下方部にウィンドレギュレーターの下側の取り付けボルトが２つあります。

↑上記１の作業でで窓の位置を外側に出すと、窓がルーフのゴムから離れて、その部分の密着が悪くなります。

ルーフ部分ゴムへ窓を密着させるためには写真のように
ナットを緩めて、６角レンチで軸（スタッドボルト）を外側に出し、ナットを締めます。（２つとも調整）
ここのナットの締付トルクは13.0N·m：締めすぎ注意。

（私は６角レンチを右に３回転させてスタッドボルトを外側に出しました）

すると、ウィンドレギュレーターの上部取り付け部を支点として、
窓最上部が内側へ傾斜し、ルーフのゴムと密着が増します。