私の車は上端のストッパー調整が悪く、窓が上に上がりすぎていたため、写真のように三角ゴムの上端が亀裂が入っていました。

■追記■
この三角ゴムの上端が窓によってある程度ピっと張っていないと、横のあたりに窓とのスキマが出来て風切り音が入ってきます。
このゴムは硬くなると密着が悪くなるので、数万キロで交換の消耗品と考えた方がいいと思います。


その他、バッテリーをアゲた後はドアコンピューターの最上部位置のメモリーが消えている可能性もあるので、リセット作業をしたほうがいいかもしれません。（根拠なし）

余談ですが、ドア開けっぱなしで作業するとたくさんライトが点きっぱなしになりますし、窓の上下で電力使ったりして、バッテリーが上がりやすいです。
それらのライトのコネクターを外しておくなどの対策が必要です。

あと、両方のドアを一度に内張りを外すと、中からドアを開けられなくなるので外に出られなくならないような対策を考えておいてください。
（窓を開けておいて外側ノブで開けるなど）