＜具体的には＞
まず、「E-VOLUTION」問題以外での大きな間違いその１に、

◆まず、アンプのゲイン調整が上手く合っていなかったようで、ややVオーバー気味のほぼ中立付近がうまく合うようです。よく言われる「鯛は腐る直前が一番うまい」というように歪む限界付近、その寸前の入力V数がやはり一番合っているようで、それまで手堅く低目にしていたゲイン設定が甘かったようです。

◆その２、それ↑↑で合わせるとウーファーの位相設定を間違っていることに気づきました。
　テスト音で停車中に前記のセットで試聴しながら設定して行くと一見、位相逆相の方が正常に聴こえたためそれを決め込んでいましたが、よく考えるとよほどのことがない限り通常位相反転（逆相）が合うケースは少なく、ノーマル位相でもう一回、機器と自身の聴覚と脳をリセットし、無意識で走行中聴いてみると…、やはりこれが違っていました。
　ノーマル位相（正相）が正解でした。

◆さらに、その他の設定は、最終的に①か②のパターンがよさそうで、
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①ナビ側スルー（ウーファー出力も限界くらいまで絞る）＋アンプ側ローパス最低周波数＆ゲイン中立付近
②または、ナビ側63Hzでクロス設定（ウーファー出力低目）＋アンプ側ローパス80Hz付近設定＆ゲイン中立付近
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　で、結局、②の方向で再調整しました。
　と言いますのが、どちらかというと停車時、そして小音量時は①の方が自然なのですが、一方で走行中、音量を上げるとやや音がバタつき気味でウーファーの方も中域/中低域カットが甘くなるためか車外音漏れがひどいのです。
　そんな状況で結局、最後は②の方向で設定。これですとウーファーの車外音漏れも少なく音量を上げた時、ミッドの中低域バタつきもありません。

※いずれも滅多なことではバタつかない、音割れしないスピーカーではありますが、それでもミッドが暴れないからでしょうか。こちらの方が音量上げ気味の時しゃきっとしています。

　あとイコライザーもテスト音で中高音域の再度設定しなおし。ただソニックデザインTBM1877Aiの方はかなり正確な音合わせがされていますのであまり大幅な変更はしない方が無難で実際にほとんど無調整で、かろうじて800Hz付近を少々下げ気味、12kHZだけ少々ブーストすると最適なようでした。
　なお、やっかいな定在波は意外とその発生が少ないようで、これで何とか納得の音に近づけました。
※ツィーターがダッシュ上の内蔵になりますが、この場合、むしろガラス反射により良く響きますのであまり高音域をブーストするとシャリシャリ音がきつくなります。