GAT-X1022 ブルデュエルガンダム 
地球連合軍第81独立機動群「ファントムペイン」に所属する女性士官ミューディー･ホルクロフト少尉が搭乗。大西洋連邦が｢ヘリオポリス｣でモルゲンレーテ社と共同開発された「GAT-X102 デュエルガンダム」の設計をベースに、アクタイオン・インダストリー社が独自にアップデートしたとされている機体。その武装構成から汎用機ストライクノワール、砲戦機ヴェルデバスターとの連携により、近～中距離主体の戦闘を行う。装甲外観はアサルトからの大幅な変更が見られず、強化装甲部分もザフト独自のアサルトシュラウドを思わせるものであるが、強化部分を機体の重要箇所に絞り込み、さらに全面をPS装甲とする事で全体的に大幅な軽量化を達成しながらも、ビーム以外の攻撃に対する防御性能は破格のものとなっている。これら強化アーマーユニットは、追加スラスターや火器を内蔵した複合兵装システムとしても機能しており、この機体に高い機動性能と攻撃の豊富な手数を付加している。代表的な武装としては、両下腕部分に折りたたまれているハンドビームガンである M7G2 リトラクタブルビームガン、肩部増加アーマーラックには手裏剣型投擲武器である Mk315 スティレット投擲噴進対装甲貫入弾、右肩増加アーマー側面には電磁レール砲塔である M443 スコルピオン機動レールガン、といった戦況に応じた武装選択がすばやくできるようなものをメインに設置されている。小隊を組む３機のうち、この機体にのみ対ビーム用シールドが装備されている。
UT-1D シビリアンアストレイ DSSDカスタム 
シビリアンアストレイ DSSDカスタムは、深宇宙探査開発機構DSSDが保有するモビルスーツだ。宇宙空間での作業活動のほか、自衛用戦力への転用も可能な本機は、その型式名である「ＵＴ」、すなわちユーティリティが示すように、多目的型の民生機である。DSSDはこの機体を、前大戦時、連合によるモルゲンレーテ社接収を逃れたオーブ技術者たちとジャンク屋ギルドの協力を得て調達した。その開発ベースとなった機体はモルゲンレーテのプロトタイプ・モビルスーツMBF-Pシリーズと、宇宙専用機M1Aアストレイだ。
ZGMF-X42S デスティニーガンダム 
「運命」という名を冠したこの機体は、戦争終結を目指したプラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルを中心とした開発チームによって ZGMF-X666S レジェンドガンダム と共に開発された。 シン・アスカの搭乗を前提としており、彼に合わせた調整がなされている。換装なしでZGMF-X56Sインパルスガンダムの各シルエット装備時を上回る戦闘力を持ち、近距離から遠距離までのあらゆるレンジに対応可能な高い汎用性を獲得している。さらに、ミラージュコロイド技術の応用により高速機動時に背部ウイングからミラージュコロイドと同等のコロイド粒子を散布することで、自機の残像を作り出すことも可能という、ザフトにおいてレジェンドガンダムと並び最強とも言えるMSに仕上がっている。一方で装備の多くが既存のものを発展させたもののみで構成されており、掌底部、翼部、動力部以外にザフト独自の最新技術があまり見受けられないのは、兵装の信頼性に重きを置いた事とあわせ、ザフトがかつてX10AフリーダムやX09AジャスティスのN（ニュートロン）ジャマーキャンセラー、セカンドシリーズのデュートリオンビーム送電システムを他勢力に奪われた経緯があり、万が一本機が奪取された場合でも、最新技術の流出を防ぐためであったとも言われている。本機は型番にＳ（セカンド）がつき、形の上ではあるが“セカンドステージシリーズ”に分類されている機体である。このシリーズに一貫していたそもそものコンセプトは「機体構造の変形及び換装によって単機で局地戦用MSに匹敵する戦闘力を発揮する」であったはずであるが、本機デスティニーガンダムに限っていえば「高出力によって多数の兵装を装備し、単機であらゆる戦況に対応する」という、それまでとは真逆のコンセプトを持つ設計となっている。これには秘密裏に開発した最新型動力搭載ＭＳということを、型番等から推測されないようにするためであると言う見方が一般的であるが、他にも、この機体の原型がインパルスに試験型シルエットである「デスティニーシルエット」を装備した「デスティニーインパルス」であり、かつてない重武装と高出力なシステムにインパルスの機体構造が耐えられないことが判明し、このスペックを実現するために十分な機体強度を持つ新たな非変形型高強度の機体フレームと最新型の動力機関「ハイパーデュートリオン」が採用されたという開発経緯が大きく影響しているとの見方もがある。この「ハイパーデュートリオン」はセカンドシリーズに採用されたデュートリオンビーム送電システムと、核エンジンを組み合わせた複合型動力機関であり、核エンジンのみでの稼動を実現するNジャマーキャンセラーはユニウス条約との兼ね合いで搭載が見合わされている。その為、デスティニーガンダム単体でのエネルギー供給は事実上の無尽蔵ではなく、出撃後、特にニュートロンジャマーの影響下において長時間戦闘状態を維持し続けるためには、母艦からのデュートリオンビームによる定期的なエネルギー補給が必要な機体となっている。
ZGMF-X666S レジェンドガンダム 
ZGMF-X13A プロヴィデンスガンダムの後継機で、ザフトにおいてデスティニーと共に最強を誇る機体。そのエンジンは、核とのハイブリットであるハイパーデュートリオンを採用している。各部に搭載されたドラグーンシステムによる多方位同時攻撃を最も得意とするなど武装構成はプロヴィデンスのそれに準じるが、各部にかなりの強化が伺える。この機体のドラグーンシステムは、背面に設置された円盤型の中央制御ユニットと複数基の攻撃ポッドで構成されている。特に、全量子インターフェイスの改良により、システムそのものが空間認識能力の低いパイロットでも使用できるよう、ある程度の普遍性の獲得に成功している。
ORB-01 シラヌイアカツキガンダム 
アカツキは、オーブのモルゲンレーテ社が総力を挙げて開発したモビルスーツである。
