【追記】
バッテリーを外した影響で運転席側パワーウィンドウの自動開閉機能がOFFになってしまいます。
下記手順で設定できるので参考にして下さい。
①電源をONにするかエンジンを始動させる
②運転席側の窓を一番下まで下げる
③運転席側の窓を一番上まで上げる
④そのまま上ボタンを3秒程度押し続ける
以上で再設定完了です。

きちんと設定できていれば通常通り運転席側の窓（AUTO）ボタンを短押しで自動開閉できます。