で、肝心のモーターもゴムカバーが干渉していたらしく少し削れてました。
ディーラーではクリップを留めるところがあるのでギリギリまでは削ってあるので異音が出ないか様子を見てくださいと言われてましたが、さすがにカウルカバーの再加工をすることにしました。