脱脂して、カバー裏に緩衝材を貼り付けます。私はとりあえずエプトシーラーの5mm厚を貼り付けました。
カバーをインタークーラーへ戻して取り付けると、このエプトシーラーが潰れて1〜2mm程度に圧縮された状態で密着していると思います。

エプトシーラー（EPDM素材）は120度ぐらいまでは耐えられます。インタークーラーに入る空気の温度は瞬間的に200度近くになることもありますが、スバルディーラーにも素材について聞いたところ、空冷される場所なのでこのシーラーで問題はないだろうとの見解です。
私も定期的にチェックしていますが、2年以上使ってもエプトシーラーで問題ありません。