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住んでる箇所（場所じゃない）が先ず違うから、それに応じた体形と保護色になってます。

多くの場合、イワナは水底、ヤマメは流水の中に居ます。

水底の小石に紛れる様に白い斑点があるのがイワナ。
水流に紛れて分かり難い様に暗い体色と黒い斑点のあるヤマメ。


また、正面から見ると丸い断面のイワナに対して楕円形のヤマメ。

イワナは川の最上流部、岩から水が湧きだしている様な本当に水の少ない場所（＊加筆）でも見られますし、雪解け水に乗って登山道を体をくねらせながら移動する事もあるのでこういう体形なんだと思います。
＊水量や水流が少ないと川底の子砂利が見えてしまうので、そういった場所で生息する為に白い斑点があるのかも知れませんね。

ヤマメは流水に居るので泳ぎに適した断面です。

それと口。（体格に対して）ヤマメよりもイワナの方が口が大きいです。
ヤマメは楕円の体系もあって、同じ体長ならイワナの方がガバっと開く印象です。

それから・・釣りをしてるとイワナは石下から出て来て餌を咥えて住処に戻ろうとする事があるので、当たりが分かりやすいのですが、ヤマメは流れて来た餌を一旦やり過ごした後で先回りして水流に合わせて呑み込む事が多く当たりが分かり難いです。

食味の違いは・・２０年程リリース中心なので分かりませんが
イワナの方が悪食なので身にクセがありそうです。

今はどうか知りませんし、釣行した事もありませんが県内の某河川にはピンク色っぽい身肉のイワナが生息してるそうで気になります。