原因判明

分解してギア側はどこも寸法がギリギリで調整なんて不可能だったので、一瞬心が折れそうになりましたが、原因がわかって対策できました。
３－４速はインプット側にシフターがあってそれをフォークで動かしてるんですが、4速側にフォークを動かしたときに、ミッションケースのフォークのシャフトを通す穴の１－２速用の部分と干渉してました。

元々乗ってるときに4速だけストロークが少し短いなとはおもってたんですが、ミッション降ろしたときにロッドの移動量を測ったら、やはり4速側だけ２ｍｍ位ストロークが短かったです。
このミッションはフォーク＆フォークのロッドまで専用品です。ロッド径は同じですがストロークが変更されており、ショートシフトになってます。
フォークは恐らく真鍮っぽい材質で結構ゴツく作られてますので、この部分がケースと干渉してストロークエンドまでストロークできなかったようです。
つかこれ元々4速抜けしてたやろ・・・