半世代くらいしか違わないのですが・・・

Z３のエンジンはM52TUB20型で、吸排気可変バルブタイミングのダブルVANOSと二重長吸気管のDISAと電子スロットルがM52型に追加されたものです。
次期型に当たるのがE46のM54B22型でエンジンマネージメントの更新と吸排気系の見直しが主な改良点で、基本的なところは大きく変わってはいないのですが、排気量200ccしか違わないとは思えないトルク感の違いと、アクセルレスポンスの差があります。
Z3は電子スロットル+バックアップのスロットルワイヤで、E46は完全に電子スロットルで機械的なバックアップ無しだったりするので、電スロのセッティング含めたエンジンマネージメントもだいぶ違うんだろうと思われます。
単純に性能比較だと新しい方の完勝なのですが、旧い方のちょっとしっとりした回転感もそれはそれでいいので、味わい勝負だとみんな違ってみんないいみたいな感じです。