Moto3クラスはジャック・ミラー（KTM）が2分12秒450でポールポジションを獲得。Moto3クラスの予選は気温32度、路面温度52度のドライコンディションで争われた。セッション序盤にリーダーボードトップに立ったのはエフレン・バスケス（ホンダ）。バスケスは中盤の21分すぎにファステストを更新するが、その直後にヤコブ・コンフェイル（KTM）がトップに浮上する。その後、開始23分すぎに午前中のフリー走行3回目でトップタイムを記録していたジョン・マクフィー（ホンダ）がリーダーボードのトップに立つ。
残り10分を切って終盤のアタックが始まるが、バックストレートでは多数のライダーが、クリアラップを待つためにスロー走行でタイミングをうかがう。ミラーもスリップにつかれることを嫌ってタイミングを図っていたが、残り5分でアタックラップに出ると、2分12秒450とファステストラップを記録。昨年のポールレコードを更新し、今シーズン8回目のポールポジションを獲得した。
2番手に2分12秒909でマクフィーが続き、マクフィーはグランプリベストグリッドを獲得。3番手に2分13秒016でコンフェイル、4番手に2分13秒040でバスケスが続き、ポイントリーダーのアレックス・マルケス（ホンダ）はアタックラップに出た残り6分の6コーナーで転倒、自己ベストの更新はならなかったものの、2分13秒315でセカンドロウ5番手を確保した。
6番手に2分13秒434でロマーノ・フェナティ（KTM）、7番手に2分13秒529でダニー・ケント（ハスクバーナ）、8番手に2分13秒556でイサック・ビニャーレス（KTM）、9番手に2分13秒679でミゲール・オリベイラ（マヒンドラ）、10番手に2分13秒709でエネア・バスティアニーニ（KTM）の順で続き、初日トップのニッコロ・アントネッリ（KTM）は2分13秒990で13番手。ランキング3位のアレックス・リンス（ホンダ）は2分14秒444で17番手に終わった。
news source ＲＩＤＩＮＧＳＰＯＲＴ．ｃｏｍ
QP
1. Jack Miller AUS Red Bull KTM Ajo (KTM) 2m 12.450s
2. John McPhee GBR SaxoPrint-RTG (Honda) 2m 12.909s
3. Jakub Kornfeil CZE Calvo Team (KTM) 2m 13.016s
4. Efren Vazquez SPA SaxoPrint-RTG (Honda) 2m 13.040s
5. Alex Marquez SPA Estrella Galicia 0,0 (Honda) 2m 13.315s
6. Romano Fenati ITA SKY Racing Team VR46 (KTM) 2m 13.434s
7. Danny Kent GBR Red Bull Husqvarna Ajo (Husqvarna) 2m 13.529s
8. Isaac Viñales SPA Calvo Team (KTM) 2m 13.556s
9. Miguel Oliveira POR Mahindra Racing (Mahindra) 2m 13.679s
10. Enea Bastianini ITA Junior Team GO&FUN Moto3 (KTM) 2m 13.709s
11. Alexis Masbou FRA Ongetta-Rivacold (Honda) 2m 13.822s
12. Karel Hanika CZE Red Bull KTM Ajo (KTM) 2m 13.884s
13. Niccolò Antonelli ITA Junior Team GO&FUN Moto3 (KTM) 2m 13.990s
14. Niklas Ajo FIN Avant Tecno Husqvarna Ajo (Husqvarna) 2m 14.155s
15. Francesco Bagnaia ITA SKY Racing Team VR46 (KTM) 2m 14.290s
16. Hafiq Azmi MAL SIC-AJO (KTM) 2m 14.413s
17. Alex Rins SPA Estrella Galicia 0,0 (Honda) 2m 14.444s
18. Andrea Migno ITA Mahindra Racing (Mahindra) 2m 14.796s
19. Juanfran Guevara SPA Mapfre Aspar Team Moto3 (Kalex-KTM) 2m 14.799s
20. Jorge Navarro SPA Marc VDS Racing Team (Kalex-KTM) 2m 15.277s
21. Ramdan Rosli MAL Petronas AHM Malaysia (KTM) 2m 15.455s
22. Zulfahmi Khairuddin MAL Ongetta-AirAsia (Honda) 2m 15.498s
23. Matteo Ferrari ITA San Carlo Team Italia (Mahindra) 2m 15.509s
24. Luca Grünwald GER Kiefer Racing (Kalex-KTM) 2m 15.595s
25. Brad Binder RSA Ambrogio Racing (Mahindra) 2m 15.619s
26. Jules Danilo FRA Ambrogio Racing (Mahindra) 2m 15.656s
27. Andrea Locatelli ITA San Carlo Team Italia (Mahindra) 2m 15.750s
28. Alessandro Tonucci ITA CIP (Mahindra) 2m 15.828s
29. Remy Gardner AUS Calvo Team (KTM) 2m 15.875s
30. Philipp Oettl GER Interwetten Paddock Moto3 (Kalex-KTM) 2m 16.057s
31. Hafiza Rofa MAL SIC-AJO (KTM) 2m 16.104s
32. Jasper Iwema NED CIP (Mahindra) 2m 16.253s
33. Scott Deroue NED RW Racing GP (Kalex-KTM) 2m 16.326s
34. Gabriel Ramos VEN Kiefer Racing (Kalex-KTM) 2m 16.929s
FP3
1. John McPhee GBR SaxoPrint-RTG (Honda) 2m 12.734s
2. Isaac Viñales SPA Calvo Team (KTM) 2m 13.086s
3. Alex Marquez SPA Estrella Galicia 0,0 (Honda) 2m 13.300s
4. Jakub Kornfeil CZE Calvo Team (KTM) 2m 13.367s
5. Efren Vazquez SPA SaxoPrint-RTG (Honda) 2m 13.395s
6. Brad Binder RSA Ambrogio Racing (Mahindra) 2m 13.442s
7. Juanfran Guevara SPA Mapfre Aspar Team Moto3 (Kalex-KTM) 2m 13.464s
8. Miguel Oliveira POR Mahindra Racing (Mahindra) 2m 13.526s
9. Danny Kent GBR Red Bull Husqvarna Ajo (Husqvarna) 2m 13.567s
10. Jack Miller AUS Red Bull KTM Ajo (KTM) 2m 13.593s
11. Zulfahmi Khairuddin MAL Ongetta-AirAsia (Honda) 2m 13.918s
12. Alexis Masbou FRA Ongetta-Rivacold (Honda) 2m 14.218s
13. Enea Bastianini ITA Junior Team GO&FUN Moto3 (KTM) 2m 14.420s
14. Karel Hanika CZE Red Bull KTM Ajo (KTM) 2m 14.603s
15. Romano Fenati ITA SKY Racing Team VR46 (KTM) 2m 14.667s
16. Niklas Ajo FIN Avant Tecno Husqvarna Ajo (Husqvarna) 2m 14.670s
17. Niccolò Antonelli ITA Junior Team GO&FUN Moto3 (KTM) 2m 14.783s
18. Francesco Bagnaia ITA SKY Racing Team VR46 (KTM) 2m 14.787s
19. Alex Rins SPA Estrella Galicia 0,0 (Honda) 2m 14.793s
20. Jorge Navarro SPA Marc VDS Racing Team (Kalex-KTM) 2m 14.818s
21. Andrea Migno ITA Mahindra Racing (Mahindra) 2m 14.836s
22. Remy Gardner AUS Calvo Team (KTM) 2m 15.103s
23. Hafiq Azmi MAL SIC-AJO (KTM) 2m 15.472s
24. Alessandro Tonucci ITA CIP (Mahindra) 2m 15.572s
25. Jules Danilo FRA Ambrogio Racing (Mahindra) 2m 15.602s
26. Luca Grünwald GER Kiefer Racing (Kalex-KTM) 2m 15.677s
27. Ramdan Rosli MAL Petronas AHM Malaysia (KTM) 2m 15.694s
28. Matteo Ferrari ITA San Carlo Team Italia (Mahindra) 2m 15.969s
29. Scott Deroue NED RW Racing GP (Kalex-KTM) 2m 16.066s
30. Andrea Locatelli ITA San Carlo Team Italia (Mahindra) 2m 16.097s
31. Philipp Oettl GER Interwetten Paddock Moto3 (Kalex-KTM) 2m 16.112s
32. Jasper Iwema NED CIP (Mahindra) 2m 16.475s
33. Hafiza Rofa MAL SIC-AJO (KTM) 2m 16.589s
34. Gabriel Ramos VEN Kiefer Racing (Kalex-KTM) 2m 17.813s
moto3 マレーシアGP セパン 予選結果
