Yuh_Fazioliのブログ一覧

　昨日あたりまでに重大な指摘が次々と出てきていて、もはや確信していたことだが、論文取り下げの方向に動き始めた。

　共同著者の若山教授がSＴＡＰ細胞の実在性に確信を持てなくなり、取り下げを呼びかけたという。

　その最も重要な根拠となるのが、昨日のエントリで取り上げたリンパ球由来であることを示す遺伝子の変化で、論文ではあるとされていたものが理研の発表ではないとしたことだ。この時点でリンパ球の初期化はなかったことが明らかになってしまっていた。
　

　理研は、ＴＣＲ(遺伝子変化が起こる部分)の変化がないことについて触れた時点で論文撤回の方向に動くべきだった。

　そして若山教授の勇気ある決断をたたえるべき。
　

ＳＴＡＰ細胞 確信なくなった
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140310/k10015868081000.html

ＮＨＫ　3月10日 19時06分

理化学研究所などのグループが発表した「ＳＴＡＰ細胞」について、共同研究者の山梨大学教授が１０日、ＮＨＫのインタビューに答え「研究データに重大な問題が見つかり、ＳＴＡＰ細胞が存在するのか確信がなくなった」として論文の取り下げに同意するようほかの著者に呼びかけたことを明らかにしました。

「ＳＴＡＰ細胞」は、神戸市にある理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダーなどのグループが作製に成功したと科学雑誌「ネイチャー」に発表し、新たな万能細胞として注目を集めました。
しかし、そのあと論文に不自然な画像やデータがあると研究者からの指摘が相次ぎ、理化学研究所などが調査を進めています。
これについて、論文の共同著者の１人でＳＴＡＰ細胞の万能性を調べる重要な実験を担当した若山照彦山梨大学教授が１０日、ＮＨＫのインタビューに答えました。
この中で若山教授は「信じていた研究のデータに重大な問題が見つかり、ＳＴＡＰ細胞が本当に出来たのかどうか確信がなくなった。論文はいったん取り下げたうえで、外部の人に検証してもらうべきだ」と述べたうえで、小保方さんを含む共同著者に論文の取り下げに同意するよう呼びかけたことを明らかにしました。
若山教授によりますと、ＳＴＡＰ細胞が出来た重要な証拠の１つである特定の遺伝子の変化について、論文発表前、研究チーム内では「変化がある」と報告され、信じていましたが、先週、理化学研究所が発表した文書の中では、変化はなかったと変わっていたということです。
さらに、研究チーム内の会議に提出された過去のＳＴＡＰ細胞関連の実験データを検証したところ、論文と同様に不自然な画像が見つかるなど重大な問題が複数見つかったということです。
若山教授は、論文を取り下げたうえで、外部の専門家に検証を依頼したいとしていて、保管している細胞のサンプルや当時の詳細な実験データなどを提供する用意があるとしています。
若山教授は「自分が担当した実験については正しいと信じているが、前提となるデータの信頼性に確信が持てなくなった。一体、何が起こったのか科学的に検証することが論文の著者としての責任だと考えている。何より私自身、真実が知りたい」と話しています。
これについて理化学研究所は「研究の本質部分については揺るぎないものと考えているが、調査中のため現時点ではコメントできない」としています。

　STAP細胞についてはその後ほとんどフォローをしていなかったのだが、いくつか疑惑があるという話を見てはいた。当然払拭されていくものと思っていた(期待していた。ただ、疑問は当然あった)。一方で、再現実験に成功したという最新のニュースを見たばかりだった。しかしながら、当初の異様な持ちあげっぷりに嫌気が差して特段注意を払っていなかったというのが正直なところ。

　疑惑云々という話を聞かれたのでちょっと確認してみた。

　再現実験もよく見てみれば小保方氏のいる理研によるもの(小保方氏本人による)で、あまり意味がない。

　ただ、研究者なら分かるが、長年扱っていると、その本人でないと再現しにくいノウハウが身についていたり、気付きにくい点があり、再現しにくいと言うことはあり得る。
　そのために理研は再現実験の詳細な方法の解説を公開した。

　＊＊

　疑惑をまとめたブログなどをちょっと見てみると、単純なミスレベルではなさそうなことが分かる。

科学ニュースの森
2014年02月18日
STAP細胞は本物か？
http://blog.livedoor.jp/xcrex/archives/65782834.html

（部分追記　補足にあるリンクが重要)

　更に詳しくは

STAP　TCRでググってみると理研による手順解説や公開されたDNA配列を元にした、いくつもの指摘が出てくる。

　リンパ球であればおこる遺伝子の再構成（免疫のために、あらゆる異物<抗原>に対応するしくみ）が、小保方論文でもSTAP細胞への初期化でも残っていて、初期化が起きた決め手とされていたのだが、理研が公開した再現実験の詳細な方法の解説に依れば、確認できなかったというのだ。

　となれば、リンパ球由来ではないのは明らかだ。これはとてつもなく大きい。
　細かな指摘は更にいろいろある。

　何にでもなれるSTAP細胞に変化したのではなく、実験手順によってもともとある未分化細胞を集めていたとかの可能性。

　理研で再現実験にも成功したというのだから、再現実験には何らかのテクニック的な壁があって、本当にできているのかもしれないが、少なくとも小保方論文にあるリンパ球ではない細胞由来であることになることを理研は示していることになる。

　
　なんだか分からない話になっている。

　外部による再現実験の成功の有無がとにかく重要。


追記：

　STAP細胞及び過去の小保方論文の不適切なデータ処理・加工・流用、文章剽窃については

小保方晴子のSTAP細胞論文の疑惑
http://stapcells.blogspot.jp/

が詳しい。

追記：

　小保方氏の論文に対する姿勢はかなり問題があるのは明らかだ。孫引き論文か何かを中身をよく確認もせずOCRでとり込んで論文に入れ込んでしまうなど、まるで学部生の間に合わせレポートのようだ。画像加工は深刻。
　Natureにのる論文としては確実にアウトのようだ。
　幼い雄マウスから取り出した細胞を処理し、キメラマウスの作成ができているのが事実としても、論文の中身として認められうるのは当初と違った部分になりそうだ。
　元々ある幹細胞の取りだしかたなり、その細胞にこれまで知られていなかった何らかの影響を与える方法なりということになるのかもしれない。すくなくとも分化したリンパ球がリセットされ全能性を持ったという部分は否定されている。
　どうなっていくのか見守るしかないが。


追記：
　早稲田の博士論文にデータねつ造と思われる画像加工がいくつもある。しかし、調査もしないうちからそうそうに｢中身には影響はない｣という大学側の姿勢には大いに驚く。

　ともかくも、今回の話は小保方氏本人だけの問題なのかどうか。
　大いに責任がある理研という組織が今後どう動くのか、注目に値する。






　

　今朝のニュースで驚いた驚いた。

　弱酸性溶液処理でリンパ球がリセットされて万能細胞になったと言うのだから。

　これがヒトでもできればもうとんでもない話で。

　世界中の研究者が嫉妬しただろうな。



　でも、なんらかの物理的／化学的刺激的な処理でリセットがかかるというのは一度は見た夢だと思うのだけれど。

　自分は藻類屋だったのだが、シストの休眠解除に物理的刺激を加えることもやったことあるけれど、おかげでついそう言うアプローチがまず浮かぶ。
　動物ではそういうことが発想にないみたいな話になっていて、そのあたりにちょっと驚いたり。

正月に実家へ行き、DNA関係の研究者である兄と会ったが、そこでごく最近、革命的な新しい遺伝子編集技術が登場しているという話を聞いた。これまでの遺伝子組換えとは異なる方法で、それだけに法的規制の想定外でもあるらしい。

　ググってみて、おそらくこのあたりの話だろうというのが分かった。細菌の持つ免疫系を応用し簡単に多様な遺伝子の編集ができるようになる。これまでの制限を超えたまさに革命的技術で、応用への期待がなされている反面、当然倫理的な問題、法的な問題などが存在することになる。


　ごくたまにしか見に行っていなかった科学ニュースの森から。




2013年12月31日
サイエンス誌が選ぶ2013年の10大ニュースその2

 遺伝子操作の新技術（Genetic Microsurgery for the Masses） 


1920年代に顕微鏡が手術室に持ち込まれるようになると、手術の手法に革命的な変化が起こり、医者は耳や血管などの細かい部分をとても簡単に治すことができるようになった。現在、ゲノムの手術でも同様の技術革命が起こりつつある。Cas9と呼ばれるタンパク質は目的のDNAに対応したRNAと組み合わさることで、遺伝子の活性、不活性、改変などを容易に行うことができる。

CRISPR（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）と呼ばれるこの技術は、2013年にとてもホットなトピックとなり10ヶ月の間に50以上の論文が発表され、CRISPRの利用法を解説するウェブサイトは1日に900人もの研究者が訪れている。1月以降10以上の研究チームによって、マウス、ラット、細菌、真菌、ゼブラフィッシュ、線虫、ショウジョウバエ、植物、ヒト細胞株などのゲノムが操作されてきた。

このような研究によって、様々な遺伝子がどのように機能するのかが観察され、病気の治療法開発などに応用されることが期待される。あるチームは、HIVがT細胞に隠れられないようにすることにも成功した。またCRISPRは同時に複数の遺伝子を操作できる可能性も秘めているため、成功すれば病気のマウスモデル作成にとても大きな貢献をすることになる。

このようなゲノム操作は10年前には夢のような方法であった。当時は、ゲノム操作を行うときに、ゲノムの目的の部位への遺伝子挿入をコントロールすることはできなかった。しかし約10年前、目的のDNAを切り取ることができるジンクフィンガーヌクレアーゼ（ZFN）と呼ばれるタンパク質が紹介され、多くの研究者の注目を集めることとなった。

しかしZFNは作成が難しいことが分かり技術の発達が下火になってきたころ、植物の病原菌を基にした新たな技術が登場した。TALENs（Transcription Activator-Like Effector Nucleases）と呼ばれる技術の発展は著しく、2012年の大きな科学ニュースの1つとしてサイエンス誌上で紹介された。

そしてCRISPRはゲノム操作技術を次なるレベルへと引き上げることになる。CRISPRは細菌がバクテリオファージと呼ばれるウイルスから身を守るための、獲得免疫系として進化させたシステムを利用している。細菌はCas9と呼ばれるタンパク質をウイルスのゲノムに対応したRNAと組み合わせ、その複合体が目的のDNAを切り取り不活性化させる。

CRISPRは2012年に初登場し、研究者によって試験管内でのゲノム操作が示された。その後、多くの研究者によってCRISPRの可能性が認められた。ZFNやTALENsでは、目的のDNAに対して特有のタンパク質を合成しなければならないが、CRISPRは目的のDNAに対してタンパク質より合成が簡単なRNAが利用される。

CRISPR技術は様々な発展をとげ、例えばDNAを切り取るのではなく傷をつけるだけという操作が可能になり、Cas9複合体の構造解析も行われている。またCas9よりも効果的に機能する他のCasタンパク質の探索も行われている。

CRISPRの基礎研究は、不活性な遺伝子や有害な遺伝子を治すといった医療技術への応用が可能であるが、そのためにはCas9が目的の部位以外はまったくターゲットにしないことが示されなければならない。現時点での技術では、Cas9は目的のDNA配列と完璧に対応しない部分にも結合してしまうことがある。この問題を解決すべく研究は行われており、もうすでに特異性を向上させる様々な方法が発見されている。

CRISPRやTALENsは共にゲノム操作以外の基礎研究から予想外に生まれた成果であるため、今後CRISPRが他のゲノム操作技術に取って代わられることは十分に考えられる。しかし現時点では、毎週のように新たな研究成果が発表され、CRISPRはゲノム操作技術の中心にある。

補足：
去年の10大ニュースでTALENsが紹介されており、CRISPRについても言及されていました。またCRISPRの元になった研究についても記事にしていたので、興味のある方はどうぞ。

サイエンス誌の選ぶ2012年の10大ニュース‐遺伝子操作の新技術
細菌の免疫系とその利用

　ユーグレナというとぴんと来る人も最近は多いかも知れない。

　自分の場合は大学時代の研究材料が藻類だったので非常におなじみの生物であり、同時に進化の過程について非常に興味深い生物である。大学時代のボスIkuko Shihira-Ishikawaがかつて研究材料にしていたものでもある。

　一方で、経済関係に明るい人は、「あ、東大発のバイオベンチャー」と思う人も多いかも知れない。投資家からは人気のベンチャー企業である。

　この企業が扱っているのが、その企業名ともなっている「ユーグレナ」。もっと一般的に知られている和名なら「ミドリムシ」である。

　このミドリムシは一風変わった生物で、動物のように動き回りながら植物のように光合成もすると言う両者の特徴を併せ持った生物である。

　この生物が豊かな栄養素を含むことから食品として期待されていたが、長く培養がうまくいかず、利用されてこなかった。それを培地を工夫することで捕食生物を排除する方法を開発し、大量培養に成功したことから、このベンチャー企業につながった。

　このベンチャー企業が「緑汁」等のミドリムシを用いた食品類を盛んに宣伝販売している。

　で、利点を説明するために動物と植物の栄養素の両方を持つと言っているわけだが、その時、「ワカメやコンブと同じ藻類で」と言っているのだが、動物については類縁関係を言わない。

　それもそのはず。ミドリムシはトリパノソーマという寄生虫と祖先を同じくする生物である。トリパノソーマと言えばツェツェバエに媒介され睡眠病を引き起こすことで知られる。

　もちろんミドリムシにそうした問題があるわけでは全くないのだが、ただでさえ「ムシ」と名前がついていて気色悪がられるので、イメージが悪くなる要素は一切排除したいはずだ。

　そんなことなので、口が裂けても宣伝で説明できないわけだ。彼らの苦労がしのばれる。


　トリパノソーマとの共通祖先に緑藻が取り込まれて葉緑体化されミドリムシが誕生したことはDNAレベルで証明されている。
　実は藻類には他の生物に共生するようになって生まれたグループが多く、多重共生も起きている。それ故類縁関係が非常に混乱してきた。

　大昔のような動物・植物の二分が不可能な領域なのである。

　今学問的に2つに分けると言うことはまずやられない。少なくとも5つのグループに分ける（五界説）し、それも今では古く、8や10に分ける分類もある。
　生物は極めて複雑に入り組んでいる。